La complicité entre les deux est touchante ; c'est beau de voir Isabella traiter Simon mieux qu'il ne se traite lui-même.
Comme Simon le constate toujours, tout commence par des souvenirs innocents et termine sur des notes désagréables ou choquantes. Pauvre Isabella, ils auraient dû en parler aux adultes...
Encore une fois, les révélations devront attendre...

Sinon, j'ai été un peu gênée par les temps.
" que ce fut quelqu’un d’autre qui s’en soit occupé" => "que c'était quelqu'un d'autre qui s'en était occupé" passerait mieux à mon avis.
"fut souvent leur compagnon" => "avait été leur compagnon de jeu".

Pour le reste, c'est vrai que ce n'est pas facile de faire de passages entiers au plus-que-parfait en gardant de la fluidité. Peut-être séparer les moments de flashback et les mettre en italique ?

C'est un récit attachant en tout cas, à bientôt pour la suite !